X-51 - organizacja zrzeszająca naukowców, którzy uciekli z tajnych laboratoriów w Strefie 51 (stąd nazwa). Jej przywódcą jest Gary Savage. Jej badania koncentrują się przede wszystkim na nanotechnologii; jest jedyną organizacją na świecie poza Majestic 12, która posiada Uniwersalny Konstruktor. Dostarczenie części potrzebnych do jego uruchomienia jest jednym z zadań JC.
UNATCO nazywa X-51 organizacją terrorystyczną prowadzącą nielegalne badania. Rozpuszcza pogłoski, jakoby w 2030 roku podłożyli nisko-radioaktywny ładunek jądrowy pod uskok San Andreas, tym samym powodując zatopienie Południowej Kalifornii.